«دانشکده الهیات و معارف اهل‌البیت(ع)» با هدف گسترش شناخت دینی و اسلامی و تعمیق معارف اصیل منبعث از قرآن و مکتب اهل‌بیت عصمت و طهارت (علیهم‌السلام) تأسیس شده است. پیشینه این دانشکده به تشکیل گروه «الهیات» در سال 1370 باز می‌گردد که بعداً در سال 1390 به دو گروه «فلسفه و کلام اسلامی» و «علوم قرآن و حدیث» تفکیک شد. گروه «معارف اسلامی» نیز در سال 1377 به منظور تمرکز و تقویت مجموعه دروس عمومی معارف اسلامی راه‌اندازی شد. در سال 1389 «دانشکده اهل‌البیت(ع)» با هدف راه‌اندازی رشته‌های جدید با رویکرد توسعه مطالعات میان‌رشته‌ای در معارف قرآنی و مکتب علمی اهل‌البیت(ع) آغاز به کار کرد که متشکل از دو گروه آموزشیِ «معارف قرآن و اهل‌البیت(ع)» و «فرهنگ و تمدن اسلامی» بود. در سال 1397 با همفکری و اهتمام اعضای هیأت علمی، صاحب‌نظران و مسئولان دانشگاه و با هدف تخصص‌گرایی، هم‌افزایی و تثبیت و تحکیم بنیان علمی و مدیریتی دانشکده و حفظ یکپارچگی، هم­گرایی و تقویت ارتباط رشته‌های علوم اسلامی با یکدیگر، ساختار دانشکده مورد بازنگری قرار گرفت و سرانجام «دانشکده الهیات و معارف اهل‌البیت(ع)» در ساختار جدید و با چهار گروه آموزشی مستقل به تصویب هیأت امنای دانشگاه اصفهان رسید. این چهار گروه عبارتند از:

امروز در طلیعه‌ی گام دوم انقلاب اسلامی، این دانشکده مفتخر است که با تکیه بر تاریخ درخشانِ علمی و معنویِ شهر اصفهان به عنوان پایتخت فرهنگ و تمدن ایران اسلامی، به گسترش دانش‌های دینی و نشر معارف نورانی قرآن و مکتب علمی اهل‌البیت(ع) می‌پردازد و با تعامل سازنده و هم‌افزا با حوزه علمیه اصفهان، به جلوه و نمادِ وحدت حوزه و دانشگاه در اصفهان و در سطح ملی تبدیل شده است.

در افق و چشم‌انداز آینده دانشکده نیز این اهداف مورد توجه است:

-          توسعه‌ی روابط بین‌المللی

-          برنامه‌ریزی در جهت افزایش نوآوری و اثرگذاری

-          راه‌اندازی رشته‌های دینی جدید متناسب با نیازهای روز

-          تحول در علوم اسلامی و علوم انسانی

-          کسب مرجعیت در بخشی از علوم اسلامی

-          اثربخشی و کاربردی کردن علوم برای مشکل‌گشایی علمی از معضلات اجتماعی

-          حرکت در راستای تحقق تمدن نوین اسلامی

-          تلاش در جهت پر کردن خلأهای موجود در مطالعات و تحقیقات علوم اسلامی نظیر روش‌شناسی مطالعات دینی و فلسفه و الهیات اجتماعی

-          پیگیری تحول در نظام آموزشی و تربیتی در راستای اسناد بالادستی کشور

-          پژوهش و تولید نظریه‌های علمی و دینی در چارچوب الگوی اسلامی ایرانی پیشرفت و نقشه جامع علمی کشور