«دانشکده الهیات و معارف اهل‌البیت(ع)» با هدف گسترش شناخت دینی و اسلامی و تعمیق معارف اصیل منبعث از قرآن و مکتب اهل‌بیت عصمت و طهارت (علیهم‌السلام) تاسیس شده است. پیشینه این دانشکده به تشکیل گروه «الهیات» در سال 1370 باز می‌گردد که بعداً در سال 1390 به دو گروه «فلسفه و کلام اسلامی» و «علوم قرآن و حدیث» تفکیک شد. گروه «معارف اسلامی» نیز در سال 1377 به منظور تمرکز و تقویت مجموعه دروس عمومی معارف اسلامی راه‌اندازی شد. در سال 1389 «دانشکده اهل‌البیت(ع)» با هدف راه‌اندازی رشته‌های جدید با رویکرد توسعه مطالعات میان‌رشته‌ای در معارف قرآنی و مکتب علمی اهل‌البیت(ع) آغاز به کار کرد که متشکل از دو گروه آموزشیِ «معارف قرآن و اهل‌البیت(ع)» و «فرهنگ و تمدن اسلامی» بود. در سال 1397 با همفکری و اهتمام اعضای هیئت علمی، صاحب‌نظران و مسئولان دانشگاه و با هدف تخصص‌گرایی، هم‌افزایی و تثبیت و تحکیم بنیان علمی و مدیریتی دانشکده و حفظ یکپارچگی، همگرایی و تقویت ارتباط رشته‌های علوم اسلامی با یکدیگر، ساختار دانشکده مورد بازنگری قرار گرفت و سرانجام «دانشکده الهیات و معارف اهل‌البیت(ع)» در ساختار جدید و با چهار گروه آموزشی مستقل به تصویب هیئت امنای دانشگاه اصفهان رسید. این چهار گروه عبارتند از: 1. گروه فلسفه و کلام اسلامی 2. گروه معارف اهل‌البیت(ع) 3. گروه علوم قرآن و حدیث 4. گروه معارف اسلامی.
امروز در طلیعه‌ی گام دوم انقلاب اسلامی، این دانشکده مفتخر است که با تکیه بر تاریخ درخشانِ علمی و معنویِ شهر اصفهان به عنوان پایتخت فرهنگ و تمدن ایران اسلامی، به گسترش دانش‌های دینی و نشر معارف نورانی قرآن و مکتب علمی اهل‌البیت(ع) می‌پردازد و با تعامل سازنده و هم‌افزا با حوزه علمیه اصفهان، به جلوه و نمادِ وحدت حوزه و دانشگاه در اصفهان و در سطح ملی تبدیل شده است.